屏

DOI：10.18129 / b9.bioc.smite.

这是发展屏幕的版本;对于稳定的版本版本，请参阅屏。

基于意义的模块整合转录组和外膜组

Bioconducts版本：开发（3.14）

此软件包构建在Epimods框架上，促进使用SpingLass算法在Iirumina Infinium 27K阵列上找到加权子网（“模块”），如iGraph包中所实现的。我们创建了一类与P值相关的基因中心注释，以及从任何研究人员找到功能模块的研究人员的效果大小和分数。

作者：Neil Ari Wijetunga，Andrew Damon Johnston，John Murray Geally

维护者：Neil Ariwijetunga ，Andrew Damon Johnston

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的用法（版本='devel'）biocmanager ::安装（“smite”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SMITE”）

PDF.	r script.	SMITE教程
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	覆盖范围那不同的亚兴那差分甲基化那GenomeanNotation.那免疫学那网络那NetworkenRichment.那rnaseq.那测序那软件那系统生物学
版本	1.21.0
在生物导体中以来	BIOC 3.3（R-3.3）（5年）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.3），Genomicranges.
进口	秤那普利尔那HMISC.那annotationdbi.，org.hs.eg.db，ggplot2.，反弹.db，凯格斯特那二乙衫那Goseq.， 方法，绞喉那iGraph.那BioBase.， 工具，S4Vectors.，genelendatabase，grdevices，图形，统计数据，utils
链接到
建议	kn
系统要求
加强
URL.	https://github.com/greallylab/smite.
Bugreports.	https://github.com/greallylab/smite/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	smite_1.21.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	smite_1.21.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/smite.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/屏幕
包短网址	https://biocumon.org/packages/smite/
包裹下载报告	下载统计信息