SIMLR

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIMLR

这是发展SIMLR版本;稳定版请参见SIMLR．

基于多核学习的单细胞解释

Bioconductor版本:开发(3.17)

单细胞RNA-seq技术可以实现对单个细胞的高通量基因表达测量，并允许发现细胞群内的异质性。细胞间基因表达相似性的测量对于细胞群的识别、可视化和分析至关重要。然而，由于高水平的噪声、离群值和退出值，单细胞数据对传统的基因表达相似性测量提出了挑战。我们开发了一种新的相似学习框架SIMLR(通过多核学习的单细胞解释)，它从数据中学习一个适当的距离度量，用于降维、聚类和可视化。

作者:Daniele Ramazzotti [cre, aut]，王博[aut]，卢卡·德·萨诺[aut]， Serafim Batzoglou [ctb]

维护者:Luca De Sano

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SIMLR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	文件许可
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	平行,矩阵，统计，方法，Rcpp，pracma，RcppAnnoy，RSpectra
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics，BiocStyle，testthat，knitr，igraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
BugReports	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
全靠我
进口我	ccImpute
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	SIMLR_1.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIMLR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SIMLR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SIMLR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIMLR/
软件包下载报告	下载数据