SICtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.SICtools

这是发展SICtools版本;稳定版请参见SICtools．

找到两个有密切关系的bam文件之间的SNV/Indel差异

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包是通过对感兴趣的基因组区域的每个碱基位置进行两两比较的方式，找到两个关系近的bam文件之间的SNV/Indel差异。通过fisher检验和欧几里得距离推断其差异，其输入为给定位置的基数计数(A,T,G,C)和indel区域两侧跨度不小于2bp的indel的读计数。

作者:邢晓斌，吴伟

维护人员:Xiaobin Xing

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SICtools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SICtools”)

PDF	R脚本	使用SICtools
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，质量控制，单核苷酸多态性，SequenceMatching，测序，软件，VariantDetection
版本	1.29.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，Rsamtools(> = 1.18.1),doParallel(> = 1.0.8),Biostrings(> = 2.32.1),stringr(> = 0.6.2),matrixStats(> = 0.10.0),plyr(> = 1.8.3),GenomicRanges(> = 1.22.4),IRanges(> = 2.4.8)
进口
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SICtools_1.29.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	SICtools_1.29.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SICtools_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SICtools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SICtools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SICtools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SICtools/
软件包下载报告	下载数据