SGSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SGSeq

这是发展SGSeq版本;稳定版请参见SGSeq．

从RNA-seq数据拼接事件预测和量化

Bioconductor版本:开发(3.16)

SGSeq是一个用于分析RNA-seq数据中的剪接事件的软件包。输入数据是以BAM格式映射到参考基因组的RNA-seq读取。基因被表示为拼接图，它可以从已有的注释中获得或从映射的序列读取中预测。拼接事件从图中识别出来，并在每个拼接变体的开始或结束处使用结构兼容的读取在本地进行量化。该软件包括拼接事件预测、量化、可视化和解释等功能。

作者:Leonard Goldstein [cre, aut]

维护者:Leonard Goldstein

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SGSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SGSeq”)

超文本标记语言	R脚本	SGSeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，ImmunoOncology，RNASeq，软件，转录
版本	1.31.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(八年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，IRanges(> = 2.13.15),GenomicRanges(> = 1.31.10),Rsamtools(> = 1.31.2),SummarizedExperiment、方法
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics(> = 0.31.5),Biostrings(> = 2.47.6),GenomicAlignments(> = 1.15.7),GenomicFeatures(> = 1.31.5),GenomeInfoDb，RUnit，S4Vectors(>= 0.23.19)， grDevices，图形，igraph平行,rtracklayer(>= 1.39.7)， stats
链接
建议	BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	EventPointer
进口我	Rhisat2
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SGSeq_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	SGSeq_1.31.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SGSeq_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SGSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SGSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SGSeq/
软件包下载报告	下载数据