sc

DOI：10.18129 / b9.bioc.scate.

这是发展Scate的版本;对于稳定的版本版本，请参阅sc。

SCATE：单细胞ATAC-SEQ信号提取和增强

Bioconducts版本：开发（3.14）

Scate是一种用于提取和增强稀疏和离散单单元ATAC-SEQ信号的软件工具。用于转座酶可接近的染色质的单细胞测序测定（SCATAC-SEQ）是用于分析单细胞中的基因组调控景观的最新技术。单小区ATAC-SEQ数据稀疏和嘈杂，分析此类数据是具有挑战性的。现有的计算方法不能准确地重建单个细胞或稀有细胞亚群中单个顺式调节元件（CRES）的活动。开发了SCATE以自适应地集成来自共激活的CRE，类似细胞和公开的正规数据的信息，并大大提高了估计个体CRES活动的准确性。我们证明了可用于更好地重建异质样本的调节景观。

作者：Zhicheng Ji [Aut]，Weiqiang Zhou [Aut]，Wenpin Hou [Cre，Aut]，洪凯吉[aut]

维护者：Wenpin hou

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！carcenamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager ::安装（“Scate”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SCATE”）

HTML.	r script.	1. Scate Packet.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	实验室那实验室那基因组那snpdata.那semencingdata.那singlecelldata.那软件
版本	1.3.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	mit +文件执照
依靠	平行，预处理核，花键，vetpine2.那XGBoost.，scateata，RTSNE.那蒙链
进口	utils，stats，基因管理那Genomicranges.
链接到
建议	RAMAMAMDOW.那ggplot2.那kn
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/winnie09/cate/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	scate_1.3.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	scate_1.3.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/scate.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ Scate
包短网址	https://biocumon.org/packages/scate/
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