SCAN.UPC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCAN.UPC

这是发展SCAN.UPC版本;稳定的发布版本,请参阅SCAN.UPC。

单通道阵列正常化(扫描)和通用表达式代码(UPC)

Bioconductor版本:发展(3.17)

扫描微阵列归一化法促进个性化医疗工作流程。而不是处理芯片样品组,可以引入偏见和现在的后勤挑战,单独扫描可实现每个样本建模和去除探针和array-specific背景噪音只使用数据在每个数组。扫描可以应用到一个频道(例如,Affymetrix)或双通道(例如,安捷伦)微阵列。通用表达式代码(UPC)方法是扫描估计的扩展是否一个给定的基因/转录活性高于背景水平在一个给定的样本。UPC方法可以应用于一个频道或双通道微阵列以及RNA-Seq读计数。因为UPC值在相同规模和表示