SC3

DOI:10.18129 / B9.bioc.SC3

这是发展SC3版本;稳定的发布版本,请参阅SC3。

单细胞共识集群

Bioconductor版本:发展(3.17)

无监督聚类的工具和分析单细胞RNA-Seq数据。

作者:弗拉基米尔Kiselev

维护人员:弗拉基米尔Kiselev < vladimir.yu。在gmail.com kiselev >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SC3”)

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文档

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browseVignettes (“SC3”)

HTML	R脚本	SC3包手册
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GUI,ImmunoOncology,RNASeq,SingleCell,软件,SupportVectorMachine,转录,转录组,可视化
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3)
进口	图形、统计、跑龙套、方法e1071平行,foreach,doParallel,doRNG,闪亮的,ggplot2,pheatmap(> = 1.0.8),ROCR,robustbase,rrcov,集群,WriteXLS,Rcpp(> = 0.11.1),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,BiocGenerics,S4Vectors
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	knitr,rmarkdown,mclust,嘘
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hemberg-lab/SC3
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/sc3/
取决于我
进口我	盛宴
建议我	InteractiveComplexHeatmap,scTreeViz,VAExprs
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SC3_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	SC3_1.27.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SC3_1.27.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SC3_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SC3
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SC3
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SC3/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SC3/
包下载报告	下载数据