SBGNview

DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview

这是发展SBGNview版本;稳定版请参见SBGNview．

SBGNview: SBGN路径的数据分析、集成和可视化

Bioconductor版本:开发(3.16)

SBGNview是一个基于路径的数据可视化、集成和分析工具集。SBGNview与广泛使用的Pathview类似且互补，主要特性如下:通过广泛采用的系统生物学图形符号(SBGN)定义通路;2.支持KEGG以外的多个主要路径数据库(Reactome, MetaCyc, SMPDB, PANTHER, METACROP)和用户自定义路径;3.默认覆盖5200个参考路径和超过3000个物种;4.丰富的图形控制，包括字形和边缘属性，图形布局和子路径突出显示;5. SBGN pathway data manipulation, processing, extraction and analysis.

作者:董晓曦*，Kovidh Vegesna*，罗伟军

维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SBGNview")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SBGNview”)

超文本标记语言	R脚本	利用SBGNview基因集进行通路分析
超文本标记语言	R脚本	快速启动SBGNview
超文本标记语言	R脚本	SBGNview功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GeneTarget，遗传学，GraphAndNetwork，代谢组学，微阵列，通路，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，可视化
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 3.6)，pathview，SBGNview.data
进口	Rdpack， grDevices，方法，统计，utils，xml2，rsvg，igraph，rmarkdown，knitr，SummarizedExperiment，AnnotationDbi，httr，KEGGREST，bookdown
链接
建议	testthat，计
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/datapplab/SBGNview
BugReports	https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SBGNview_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	SBGNview_1.11.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	SBGNview_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SBGNview
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SBGNview/
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