SAIGEgds

DOI:10.18129 / B9.bioc.SAIGEgds

这是发展SAIGEgds版本;稳定的发布版本,请参阅SAIGEgds。

可伸缩的实现广义混合模型使用GDS文件Phenome-Wide协会的研究

Bioconductor版本:发展(3.18)

可伸缩的实现广义混合模型与高度优化的c++实现和集成基因组数据结构(GDS)文件。它是专为单一变异测试和基于集合的总体测试在大规模Phenome-wide关联研究(PheWAS)与数以百万计的变异和样本,控制样本结构和病例对照不平衡。实现基于SAIGE R包(v0.45,周et al . 2018和周et al . 2020年),并扩展到包括先进的ACAT-O基于集合的测试。基准测试显示,SAIGEgds明显快于SAIGE R包。

作者:Xiuwen郑(aut (cre)魏,周[所有](原作者SAIGE R包),j·韦德·戴维斯(施)

维护人员:Xiuwen郑< Xiuwen。郑在abbvie.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SAIGEgds”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“SAIGEgds”)

HTML	R脚本	SAIGEgds教程(单个变体测试)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	遗传学,GenomeWideAssociation,软件,StatisticalMethod
版本	2.1.1
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),gdsfmt(> = 1.28.0),SeqArray(> = 1.36.1),Rcpp
进口	方法、统计数据矩阵,RcppParallel跑龙套
链接	Rcpp、RcppArmadillo RcppParallel (> = 5.0.0)
建议	平行,蜡笔,CompQuadForm,调查,SNPRelatermarkdown RUnit knitr,减价,ggmanh,BiocGenerics
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SAIGEgds
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SAIGEgds_2.1.1.tar.gz
Windows二进制	SAIGEgds_2.1.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SAIGEgds_2.1.1.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SAIGEgds
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SAIGEgds
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SAIGEgds/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SAIGEgds/
包下载报告	下载数据