Rsubread

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsubread

这是发展Rsubread版本;稳定的发布版本,请参阅Rsubread。

测序数据的分析映射,量化和变体

Bioconductor版本:发展(3.16)

核糖核酸测序数据的对齐、量化和分析(包括散装RNA-seq和scRNA-seq)和DNA sequenicng数据(包括ATAC-seq、ChIP-seq WGS,韦斯等等)。包括阅读的功能映射,读计数,SNP的召唤,结构性变异检测和基因融合的发现。可以应用于所有主要测序家非上市和短期和长期序列读取。

作者:魏史,杨廖和戈登·K Smyth珍妮戴的贡献

维护人员:<魏魏史。史在onjcri.org.au >,杨廖<杨。廖在onjcri.org.au > K和戈登·史密斯<史密斯在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Rsubread”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	Rsubread装饰图案
PDF		SubreadUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,GeneExpression,GeneFusionDetection,GeneRegulation,GeneticVariability,遗传学,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,IndelDetection,MultipleSequenceAlignment,预处理,质量控制,RNASeq,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,SingleCell,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	2.11.2
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(11.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于
进口	统计,grDevices跑龙套,矩阵
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsubread
取决于我	ExCluster
进口我	APAlyzer,diffUTR,dupRadar,弗雷泽,ribosomeProfilingQC,颈背
建议我	自治,icetea,NxtIRFcore,scPipe,singleCellTK,SpliceWiz,tidybulk
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rsubread_2.11.2.tar.gz
Windows二进制	Rsubread_2.11.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	Rsubread_2.11.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsubread
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rsubread
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsubread/
包下载报告	下载数据