Rmmquant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rmmquant

这是发展Rmmquant版本;稳定版请参见Rmmquant．

RNA-Seq多重映射Reads量化工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

RNA-Seq目前被常规使用，它提供了基因转录的准确信息。但是，该方法不能准确地估计重复基因的表达。以前已经使用了几种策略，但它们都提供了有偏差的结果。使用Rmmquant，如果一个read映射在不同的位置，该工具检测到对应的基因是重复的;它将基因合并并创造一个合并的基因。然后，根据输入基因和合并的基因来计算歧义读取数。Rmmquant是广泛使用的工具finoverllaps和featurerts的直接替代品，它们以不受影响的方式处理多映射读取。

作者:Zytnicki Matthias [aut, cre]

维护者:Zytnicki Matthias < Matthias。Zytnicki在inra.fr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Rmmquant")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rmmquant”)

超文本标记语言	R脚本	Rmmquant包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，软件，转录
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	Rcpp(>= 0.12.8)，方法S4Vectors，GenomicRanges，SummarizedExperiment，devtools，TBX20BamSubset，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Mm.eg.db，DESeq2，BiocStyle
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rmmquant_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	Rmmquant_1.17.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Rmmquant_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Rmmquant_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rmmquant
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rmmquant
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rmmquant/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rmmquant/
软件包下载报告	下载数据