Risa

DOI:10.18129 / B9.bioc.Risa

这是发展Risa版本;稳定的发布版本,请参阅Risa。

从ISA-tab试验元数据转换成Bioconductor数据结构

Bioconductor版本:发展(3.16)

调查/研究/试验(ISA)一样格式是一个通用的框架来收集和交流复杂的元数据(即样本特征、技术类型的测量)从实验中采用的组合技术,从传统的高通量方法技术。在ISA-Tab Risa允许访问元数据/数据格式和构建Bioconductor数据结构。目前,数据来自微阵列、流式细胞术和metabolomics-based支持(即质谱)分析。包是可扩展的和正在努力支持元数据相关的蛋白质组学分析。

作者:Alejandra Gonzalez-Beltran,奥黛丽•考夫曼Steffen Neumann加布里埃尔Rustici, ISA团队

维护人员:Alejandra Gonzalez-Beltran < alejandra.gonzalez。——gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(Risa)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (Risa)

PDF	R脚本	Risa:从ISA-tab试验元数据转换成Bioconductor数据结构
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,MassSpectrometry,软件
版本	1.39.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 2.0.9),Biobase(> =测试盒框)、方法Rcpp(> = 0.9.13),biocViews,affy
进口	xcms
链接
建议	faahKO(> = 1.2.11)
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.isa-tools.org/
BugReports	https://github.com/ISA-tools/Risa/issues
取决于我
进口我
建议我	mtbls2
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Risa_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	Risa_1.39.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Risa_1.39.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Risa_1.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Risa
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Risa
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Risa/
包下载报告	下载数据