RiboProfiling

DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboProfiling

这是发展RiboProfiling版本;稳定版请参见RiboProfiling．

核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释

Bioconductor版本:开发(3.14)

该包从一个BAM文件开始，提供了质量评估、读取起始位置重新校准、CDS上的读取计数、3'UTR和5'UTR、计数数据绘制:对、日志折叠变化、密码子频率和覆盖率评估、密码子覆盖率的主成分分析等必要功能。

作者:Alexandra Popa

维护者:A. Popa

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RiboProfiling")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RiboProfiling”)

PDF	R脚本	使用“RiboProfiling”软件包分析Ribo-Seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，PrincipalComponent，质量控制，RiboSeq，测序，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.2.2)，Biostrings
进口	BiocGenerics，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，reshape2，GenomicFeatures、网格plyr，S4Vectors，GenomicAlignments，ggplot2，ggbio，Rsamtools，rtracklayer，data.table，sqldf
链接
建议	knitr，BiocStyle, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,testthat，SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RiboProfiling_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	RiboProfiling_1.23.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	RiboProfiling_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboProfiling
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RiboProfiling
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RiboProfiling/
软件包下载报告	下载数据