RiboDiPA

DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboDiPA

这是发展RiboDiPA版本;稳定的发布版本,请参阅RiboDiPA。

微分Ribo-seq数据模式分析

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包执行微分Ribo-seq数据模式分析。它能够识别基因明显不同模式之间的核糖体足迹两个条件。RiboDiPA包含五个主要组件包括bam文件处理、p区映射,数据面元、微分模式分析和足迹可视化。

作者:李克伦(aut),马特(aut)希望,Xiaozhong王(aut),中正大学王(aut (cre)

维护人员:王中正大学< jzwang northwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“RiboDiPA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RiboDiPA”)

HTML	R脚本	RiboDiPA
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,ImmunoOncology,归一化,质量控制,RNASeq,RiboSeq,测序,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.1),Rsamtools,GenomicFeatures,GenomicAlignments
进口	Rcpp(> = 1.0.2中)、图形数据,data.table,精英主义、方法、S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,matrixStats,reldist,doParallel,foreach平行,qvalue,DESeq2,ggplot2,BiocFileCache,BiocGenerics
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RiboDiPA_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	RiboDiPA_1.5.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	RiboDiPA_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboDiPA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RiboDiPA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RiboDiPA/
包下载报告	下载数据