Rhisat2.

DOI：10.18129 / b9.bioc.rhisat2.

这是发展Rhisat2的版本;对于稳定的版本版本，请参阅Rhisat2.。

HARAT2对齐器的R包装器

Bioconducts版本：开发（3.14）

通过Kim等人的Hisat2剪接短读对齐器的R接口。（2015）。包包含包装器函数来创建基因组索引并执行生成索引的读对齐。

作者：夏洛特·斯蒙顿[AUT，CRE]

维护者：Charlotte Soneson

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocmamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager ::安装（“Rhisat2”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“RHISAT2”）

HTML.	r script.	Rhisat2.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	结盟那测序那软件那Spricealment.
版本	1.9.0
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.6）
进口	基因组法那SGSEQ.那Genomicranges.，方法，utils
链接到
建议	testthat.那kn那RAMAMAMDOW.那生物焦
系统要求	GNU制作
加强
URL.	https://github.com/fmicompbio/rhisat2.
Bugreports.	https://github.com/fmicompbio/rhisat2/issues.
取决于我
进口我
建议我	Quasr.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Rhisat2_1.9.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	RHISAT2_1.9.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rhisat2.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ rhisat2
包短网址	https://biocumon.org/packages/rhisat2/
包裹下载报告	下载统计信息