Rfastp

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rfastp

这是发展Rfastp版本;稳定的发布版本,请参阅Rfastp。

一个超高速和一体化Fastq预处理(质量控制、适配器、低质量和polyX修剪)和UMI序列解析)。

Bioconductor版本:发展(3.18)

Rfastp fastp的R包装在c++开发的。fastp fastq文件执行质量控制。包括低质量基地修剪,polyX修剪,适配器自动侦测和修剪,paired-end读取合并,UMI序列/ id处理。Rfastp可以连接多个文件到一个文件中(如shell命令cat)和接受多个文件作为输入。

作者:魏王(aut),罗Ji-Dung(施)aut托马斯·卡罗尔(cre)

维护人员:托马斯·卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Rfastp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rfastp”)

HTML	R脚本	Rfastp
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	预处理,质量控制,测序,软件
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于
进口	Rcpp、rjson ggplot2 reshape2
链接	Rcpp,Rhtslib,zlibbioc
建议	BiocStyle,knitr testthat rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rfastp_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	Rfastp_1.11.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	Rfastp_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rfastp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rfastp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rfastp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rfastp/
包下载报告	下载数据