ReportingTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReportingTools

这是发展ReportingTools版本;稳定版请参见ReportingTools．

用于制作各种格式的报告的工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

ReportingTools软件包使用户能够轻松地显示从微阵列和测序数据等来源生成的分析结果报告。该软件包允许用户创建HTML页面，可以在Safari等web浏览器上查看，也可以在Excel等程序可读的其他格式中查看。用户可以生成具有可排序和可过滤列的表，制作和显示图表，并将表项链接到其他数据源，如NCBI或HTML页面中的更大的图表。使用该包，用户还可以生成一个目录页，将特定项目的各种报告链接在一起，可以在web浏览器中查看。更多示例，请访问我们的网站:http://research-pub.gene.com/ReportingTools。

作者:Jason A. Hackney, Melanie Huntley, Jessica L. Larson, Christina Chaivorapol, Gabriel Becker和Josh Kaminker

维护者:Jason A. Hackney < Hackney。jason在gene.com>， Gabriel Becker < Becker。Jessica L. Larson < Larson。杰西卡在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ReportingTools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ReportingTools”)

超文本标记语言	R脚本	编织和报告工具
PDF	R脚本	微阵列差分表达报告
PDF	R脚本	RNA-seq差异表达报告
PDF	R脚本	ReportingTools基础知识
PDF	R脚本	ReportingTools闪亮的
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，去，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，软件，可视化
版本	2.39.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,knitr,跑龙套
进口	Biobase，hwriter，类别，GOstats，limma(> = 3.17.5),晶格，AnnotationDbi，刨边机，注释，PFAM.db，GSEABase，BiocGenerics(>= 0.1.6)，网格，XML，R.utils，DESeq2(> = 1.3.41),ggplot2，ggbio，IRanges
链接
建议	RUnit，所有，hgu95av2.db，org.Mm.eg.db，闪亮的，pasilla，org.Sc.sgd.db，rmarkdown，减价
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	rnaseqGene
进口我	affycoretools
建议我	cpvSNP，EnrichmentBrowser，GSEABase，npGSEA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ReportingTools_2.39.0.tar.gz
Windows二进制	ReportingTools_2.39.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ReportingTools_2.39.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ReportingTools_2.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReportingTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReportingTools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ReportingTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReportingTools/
软件包下载报告	下载数据