- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- Repitools(开发版)
Repitools
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Repitools
这是发展Repitools版本;稳定的发布版本,请参阅Repitools。
外遗传性工具
Bioconductor版本:发展(3.17)
enrichment-based外遗传性数据的分析工具。外遗传性的特性包括摘要和可视化数据根据基因表达启动子上下文,查找差异甲基化区域/绑定,为量化BayMeth甲基化等。
作者:<马克马克。罗宾逊。罗宾逊在imls.uzh.ch >,Dario Strbenac
维护人员:马克·罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch >
从内部引用(R,回车引用(“Repitools”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Repitools”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Repitools”)
| R脚本 | 使用Repitools外遗传性测序数据 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | DNAMethylation,GeneExpression,MethylSeq,软件 |
| 版本 | 1.45.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(11年) |
| 许可证 | LGPL (> = 2) |
| 取决于 | R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics(> = 0.8.0) |
| 进口 | 平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,GenomicAlignments,rtracklayer,BSgenome(> = 1.47.3),gplots、网格质量,gsmoothr,刨边机(> = 3.4.0),DNAcopy,林格,Rsolnp,集群 |
| 链接 | |
| 建议 | ShortRead,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | Repitools_1.45.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制(x86_64) | |
| macOS二进制(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Repitools |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Repitools |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Repitools/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
