RepViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.RepViz

这是发展RepViz版本;稳定的发布版本,请参阅RepViz。

复制的基因组区域的可视化

Bioconductor版本:发展(3.14)

RepViz使基因组区域的观点在一个简单而有效的方法。RepViz允许同时查看内部和组间排序项研究条件的变化,以及他们的比较输出特性(如确定峰值)从用户选择的数据分析方法。RepViz工具主要是专为染色质ChIP-seq和ATAC-seq等数据,但是也可以使用其他如RNA-seq测序数据,或组合不同类型的基因组数据。

作者:托马斯•人造Kalle Rytkonen起来Laiho,劳拉·l·值得信赖

维护者:托马斯•人造旅行社Laiho <仿。在gmail.com thomas1 > <旅行社。在utu.fi laiho >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“RepViz”)

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文档

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browseVignettes (“RepViz”)

HTML	R脚本	RepViz
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,ChIPSeq,报道,GenomicVariation,测序,软件,可视化,WorkflowStep
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.1),GenomicRanges(> = 1.30.0),Rsamtools(> = 1.34.1),IRanges(> = 2.14.0),biomaRt(> = 2.36.0),S4Vectors(> = 0.18.0)、图形grDevices跑龙套
进口
链接
建议	knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
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建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RepViz_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	RepViz_1.9.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RepViz_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RepViz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RepViz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RepViz/
包下载报告	下载数据