RegEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.RegEnrich

这是发展RegEnrich版本;稳定版请参见RegEnrich．

基因调节剂富集分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包是识别生物过程中关键基因调节器的管道，例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。在这个过程中有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。

作者:陶未扬[cre, aut]， Aridaman Pandit [aut]

维护者:Weiyang Tao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RegEnrich")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RegEnrich”)

超文本标记语言	R脚本	RegEnrich基因调节器富集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GeneTarget，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，RNASeq，软件，转录，转录组，TwoChannel
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.0.0)，S4Vectors，dplyr，宠物猫，BiocSet，SummarizedExperiment
进口	randomForest，fgsea，剂量，BiocParallel，DESeq2，limma，WGCNA，ggplot2(>= 2.2.0)，reshape2，magrittr
链接
建议	GEOquery，rmarkdown，knitr，BiocManager，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RegEnrich_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	RegEnrich_1.9.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RegEnrich_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RegEnrich_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RegEnrich
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RegEnrich/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RegEnrich/
软件包下载报告	下载数据