RegEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.RegEnrich

这是发展RegEnrich版本;稳定版请参见RegEnrich

基因调节剂富集分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包是识别生物过程中关键基因调节器的管道,例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。在这个过程中有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。

作者:陶未扬[cre, aut], Aridaman Pandit [aut]

维护者:Weiyang Tao

引文(从R内,输入引用(“RegEnrich”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RegEnrich")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RegEnrich”)

超文本标记语言 R脚本 RegEnrich基因调节器富集
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionFunctionalPredictionGeneExpressionGeneSetEnrichmentGeneTarget网络NetworkEnrichmentNetworkInferenceRNASeq软件转录转录组TwoChannel
版本 1.9.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 4.0.0),S4Vectorsdplyr宠物猫BiocSetSummarizedExperiment
进口 randomForestfgsea剂量BiocParallelDESeq2limmaWGCNAggplot2(>= 2.2.0),reshape2magrittr
链接
建议 GEOqueryrmarkdownknitrBiocManagertestthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RegEnrich_1.9.0.tar.gz
Windows二进制 RegEnrich_1.9.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) RegEnrich_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) RegEnrich_1.9.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RegEnrich
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RegEnrich/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RegEnrich/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网