ReactomePA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomePA

这是发展ReactomePA版本;稳定的发布版本,请参阅ReactomePA。

Reactome途径分析

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包提供了路径分析功能基于REACTOME通路数据库。它实现了富集分析,基因集富集分析和一些可视化的功能。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),弗拉季斯拉夫•Petyuk(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ReactomePA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ReactomePA”)

HTML	R脚本	R包Reactome途径分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化
版本	1.41.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,剂量(> = 3.5.1),enrichplot,ggplot2(> = 3.3.5),ggraph,reactome.db,igraph,石墨
链接
建议	BiocStyle,clusterProfiler,knitr,rmarkdown,org.Hs.eg.db,prettydoc,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ReactomePA/issues
取决于我	maEndToEnd
进口我	bioCancer,epihet,ExpHunterSuite,miRspongeR,multiSight,Pigengene,scTensor
建议我	ChIPseeker,CINdex,clusterProfiler,可乐,GRaNIE,scGPS
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ReactomePA_1.41.0.tar.gz
Windows二进制	ReactomePA_1.41.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ReactomePA_1.41.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomePA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ReactomePA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomePA/
包下载报告	下载数据