ReactomeGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomeGSA

这是发展ReactomeGSA版本;稳定的发布版本,请参阅ReactomeGSA。

客户Reactome分析服务比较multi-omics基因组分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

ReactomeGSA包使用Reactome在线分析服务执行一套multi-omics基因分析。这个包的主要优势是,检索结果可以使用REACTOME强大的可视化webapplication。自从Reactome分析服务也使用R perfrom实际基因集合分析使用相同的包时你会得到类似的结果在本地(limma和磨边机等)。因此,如果你只需要一套基因分析,不同的包更适合。

作者:约翰偶联(aut (cre)

维修工:约翰偶联<约翰内斯。主任在meduniwien.ac.at >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ReactomeGSA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ReactomeGSA”)

HTML	R脚本	分析单细胞RNAseq数据
HTML	R脚本	使用ReactomeGSA包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,蛋白质组学,Reactome,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	jsonlite,httr,进步,ggplot2、方法、gplots,RColorBrewer,dplyr,tidyr
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,ReactomeGSA.data,Biobase,devtools
SystemRequirements
增强了	limma,刨边机,修拉(> = 3.0),嘘
URL	https://github.com/reactome/ReactomeGSA
BugReports	https://github.com/reactome/ReactomeGSA/issues
取决于我	ReactomeGSA.data
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ReactomeGSA_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	ReactomeGSA_1.13.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ReactomeGSA_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ReactomeGSA_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGSA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ReactomeGSA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ReactomeGSA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomeGSA/
包下载报告	下载数据