RcisTarget

DOI:10.18129 / B9.bioc.RcisTarget

这是发展RcisTarget版本;稳定版请参见RcisTarget．

识别在一系列基因或基因组区域上富集的转录因子结合基序

Bioconductor版本:开发(3.17)

RcisTarget识别转录因子结合基序(TFBS)在基因列表中过度代表。在第一步中，RcisTarget选择基因集中基因的转录起始位点(TSS)周围显著过度代表的DNA基序。这是通过使用包含每个基序的全基因组跨物种排名的数据库来实现的。然后被注释到tf的主题和那些具有高归一化充实分数(NES)的主题被保留。最后，对于每个基序和基因集，RcisTarget预测候选靶基因(即基因集中排名在前沿之上的基因)。

作者:Sara Aibar, Gert Hulselmans, Stein Aerts。计算生物学实验室“，”鲁汶大学脑和疾病研究中心。比利时鲁汶

维护者:Sara Aibar < Sara。Aibar at kuleuven.vib.be>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RcisTarget")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RcisTarget”)

超文本标记语言	R脚本	RcisTarget -区域
超文本标记语言	R脚本	RcisTarget -带有背景
超文本标记语言	R脚本	转录因子结合基序富集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneTarget，MotifAnnotation，软件，转录，转录组
版本	1.19.2
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	AUCell(> = 1.1.6),BiocGenerics，data.table、图形、GenomeInfoDb，GenomicRanges，箭头(> = 2.0.0),dplyr，宠物猫，GSEABase、方法、R.utils统计数据,SummarizedExperiment，S4Vectors,跑龙套
链接
建议	Biobase，BiocStyle，BiocParallel，doParallel，DT，foreach，gplots，rtracklayer，igraph，knitr，RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp，rmarkdown，testthat，visNetwork
SystemRequirements
增强了	doMC，doRNG，动物园
URL	http://scenic.aertslab.org
BugReports	https://github.com/aertslab/RcisTarget/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RcisTarget_1.19.2.tar.gz
Windows二进制	RcisTarget_1.19.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RcisTarget_1.19.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RcisTarget_1.19.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RcisTarget
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RcisTarget
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RcisTarget/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RcisTarget/
软件包下载报告	下载数据