rcade

doi：10.18129/b9.bioc.rcade

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

这是发展RCADE的版本；对于稳定版本，请参阅rcade。

基于R的CHIP-SEQ和差异表达的分析 - 一种与差分表达摘要数据集成基于计数的芯片seq分析的工具

生物导体版本：开发（3.16）

RCADE（代表“基于R的ChIP-Seq和差异表达式分析”）是通过贝叶斯框架将芯片seq数据与差分表达摘要数据集成的工具。关键应用是在识别感兴趣的转录因子靶向的基因中 - 即，我们收集与芯片序列相关的基因，以及与该TF相关的某些扰动下的差异表达。

作者：乔纳森·凯恩斯

维护者：jonathan cairns

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ rcade”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	chipseq，，，，差异性，，，，基因表达，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	1.39.1
在生物导体中	Bioc 2.11（R-2.15）（10年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.5.0），方法，基因组机，，，，rsamtools，，，，贝塞克
进口	UTILS，GRDEVICES，Stats，Graphics，RGL，，，，plotrix，，，，S4VECTORS（> = 0.23.19），iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名
链接
建议	林玛，，，，Biomart，，，，运行，，，，生物基因，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcade
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/rcade
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcade/
软件包下载报告	下载统计