Rbwa

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rbwa

这是发展Rbwa版本;稳定的发布版本,请参阅Rbwa。

R包装BWA-backtrack和BWA-MEM对准器

Bioconductor版本:发展(3.18)

提供了一个R包装BWA对齐算法。BWA-backtrack和BWA-MEM都是可用的。便利函数建立BWA指数也提供了一个参考基因组。目前不支持Windows机器。

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Rbwa”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rbwa”)

HTML	R脚本	介绍Rbwa
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,测序,软件
版本	1.5.3
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口
链接
建议	testthat,BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/Jfortin1/Rbwa
BugReports	https://github.com/crisprVerse/Rbwa/issues
取决于我
进口我	crisprBwa
建议我	crisprDesign
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rbwa_1.5.3.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	Rbwa_1.5.3.tgz
macOS二进制(arm64)	Rbwa_1.5.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbwa
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rbwa
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rbwa/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rbwa/
包下载报告	下载数据