Rbowtie2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rbowtie2

这是发展Rbowtie2版本;稳定的发布版本,请参阅Rbowtie2。

为Bowtie2和AdapterRemoval R包装器

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一个R包装流行的bowtie2测序读准仪和AdapterRemoval,快速的一个方便工具适配器修剪、识别、和阅读合并。包包含包装器函数,允许基因组索引和对齐这些索引。包还允许通过Rsamtools本文件的创建。

作者:郑魏(aut (cre)(音译)(aut)

维护人员:郑魏< wzweizheng qq.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Rbowtie2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rbowtie2”)

HTML	R脚本	介绍Rbowtie2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,预处理,测序,软件
版本	2.5.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	magrittr,Rsamtools
链接
建议	knitr,testthat(> = 3.0.0),rmarkdown
SystemRequirements	GNU c++ 11日,samtools
增强了
URL
取决于我
进口我	CircSeqAlignTk,esATAC,UMI4Cats
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rbowtie2_2.5.0.tar.gz
Windows二进制	Rbowtie2_2.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Rbowtie2_2.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rbowtie2
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rbowtie2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rbowtie2/
包下载报告	下载数据