RaggedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.RaggedExperiment

这是发展raggeexperiment版本;稳定版请参见RaggedExperiment

跨样本的稀疏实验和分析的表示

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包提供了拷贝数、突变和其他数据的灵活表示,这些数据适合基因组位置数据的不规则数组模式。这些数据的基本表示形式为用户提供了一个矩形平面界面,在行中显示范围信息,在列中显示样本/标本。raggeexperiment类派生自GRangesList表示,并提供了类似于矩形数据集的东西。

作者:Martin Morgan [aut], Marcel Ramos [aut, cre]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“RaggedExperiment”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" raggeexperiment ")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RaggedExperiment”)

超文本标记语言 R脚本 RaggedExperiment
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation基础设施软件
版本 1.23.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.2.0),GenomicRanges(> = 1.37.17)
进口 BiocGenericsGenomeInfoDbIRanges矩阵MatrixGenerics、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatMultiAssayExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/Bioconductor/RaggedExperiment/issues
全靠我 CNVRangercompartmap
进口我 cBioPortalDataomicsPrintRTCGAToolboxTCGAutilsterraTCGAdata
建议我 curatedTCGADatamaftoolsMultiAssayExperimentMultiDataSetSingleCellMultiModalTENxIO
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RaggedExperiment_1.23.0.tar.gz
Windows二进制 RaggedExperiment_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) RaggedExperiment_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) RaggedExperiment_1.23.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RaggedExperiment
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ raggeexperiment
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RaggedExperiment/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RaggedExperiment/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网