RaggedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.RaggedExperiment

这是发展raggeexperiment版本;稳定版请参见RaggedExperiment．

跨样本的稀疏实验和分析的表示

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包提供了拷贝数、突变和其他数据的灵活表示，这些数据适合基因组位置数据的不规则数组模式。这些数据的基本表示形式为用户提供了一个矩形平面界面，在行中显示范围信息，在列中显示样本/标本。raggeexperiment类派生自GRangesList表示，并提供了类似于矩形数据集的东西。

作者:Martin Morgan [aut]， Marcel Ramos [aut, cre]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" raggeexperiment ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RaggedExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	RaggedExperiment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，基础设施，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)，GenomicRanges(> = 1.37.17)
进口	BiocGenerics，GenomeInfoDb，IRanges，矩阵，MatrixGenerics、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，MultiAssayExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/RaggedExperiment/issues
全靠我	CNVRanger，compartmap
进口我	cBioPortalData，omicsPrint，RTCGAToolbox，TCGAutils，terraTCGAdata
建议我	curatedTCGAData，maftools，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，SingleCellMultiModal，TENxIO
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RaggedExperiment_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	RaggedExperiment_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RaggedExperiment_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RaggedExperiment_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RaggedExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ raggeexperiment
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RaggedExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RaggedExperiment/
软件包下载报告	下载数据