RadioGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.RadioGx

这是发展RadioGx版本;稳定的发布版本,请参阅RadioGx。

分析大规模Radio-Genomic数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

计算工具箱radio-genomic分析集radio-response数据,radio-biological造型和全面的细胞系注释数百癌症细胞系。RadioSet的类可以创建和操纵的标准化数据集包括癌细胞行信息,radio-response化验和剂量反应指标。包括允许拟合方法和策划使用radio-biological模型建立以及质量控制剂量反应数据来验证结果。额外的相关函数拟合和策划剂量反应曲线,定量统计相关性和计算曲线下的面积(AUC)或生存分数(SF)包括在内。更多细节请参阅文档,包括引用,以及:Manem, v . et al (2018) 。

作者:Venkata Manem (aut),切赫斯米尔诺夫(aut),伊恩•史密斯(aut),梅根·乖乖(aut),克里斯托弗•伊尔斯(aut)斯科特•布拉特曼(aut)本杰明Haibe-Kains (aut (cre)

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“RadioGx”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RadioGx”)

HTML	R脚本	RadioGx: R包Radiogenomic大型数据集的分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,遗传药理学,药物基因组学,质量控制,软件,生存
版本	2.1.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),CoreGx
进口	SummarizedExperiment,BiocGenerics,data.table,S4Vectors,Biobase平行,BiocParallel,RColorBrewer,caTools,magicaxis、方法、reshape2,尺度grDevices图形,统计,跑龙套,为了,matrixStats,下载器
链接
建议	rmarkdown,BiocStyle,knitr,老鸨,减价
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RadioGx_2.1.1.tar.gz
Windows二进制	RadioGx_2.1.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	RadioGx_2.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RadioGx
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RadioGx
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RadioGx/
包下载报告	下载数据