研制

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTN

这是发展RTN版本;稳定版请参见研制。

RTN:转录调控网络的重建和调控分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

转录调控网络(TRN)由转录因子(TFs)和调控靶基因组成。转录因子是识别特定DNA序列并指导基因组表达的调控因子，可以激活或抑制靶基因的表达。同一TF控制的一组基因形成一个规则。这个包提供了重构trn和分析规则的类和方法。

作者:Clarice Groeneveld [ctb]， Gordon Robertson [ctb]， Wang Xin [aut]， Michael Fletcher [aut]， Florian Markowetz [aut]， Kerstin Meyer [aut]， Mauro Castro [aut]

维护者:Mauro Castro < Mauro .a.。卡斯特罗在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RTN")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“研制”)

超文本标记语言	R脚本	RTN:转录调节网络的重建和规则分析。”
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneticVariability，GraphAndNetwork，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，转录
版本	2.23.1
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.6.3)，方法
进口	红色的，minet，毒蛇，mixtools，雪统计数据,limma，data.table，IRanges，igraph，S4Vectors，SummarizedExperiment，车，压水式反应堆，pheatmap， grDevices，图形，utils
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464
全靠我	Fletcher2013b，RTNduals，RTNsurvival
进口我
建议我	geneplast
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RTN_2.23.1.tar.gz
Windows二进制	RTN_2.23.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RTN_2.23.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RTN_2.23.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTN
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RTN/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTN/
软件包下载报告	下载数据