rtcgatoolbox
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.rtcgatoolbox
这是发展RTCGATOOLBOX的版本;对于稳定版本，请参阅rtcgatoolbox。
导出TCGA消防数据的新工具
生物导体版本：开发（3.16）
管理大规模项目（例如癌症基因组图集（TCGA））进行进一步分析的数据是研究项目的重要且耗时的一步。FireHose项目等几项努力使TCGA通过Web服务和数据门户公开提供了预处理数据，但它需要管理，下载和准备以下步骤的数据。我们为FireHose预处理数据开发了一个开源和可扩展的R的数据客户端，并证明了其与样本案例研究的使用。结果表明，RTCGATOOLBOX可以改善对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外，它可以与其他分析管道集成以进行以下数据分析。
作者：Mehmet Samur [AUT]，Marcel Ramos [AUT，CRE]，路德维希·盖斯林格[CTB]
维护者：Marcel Ramos
引用（从r内，输入引用（“ rtcgatoolbox”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version（version ='devel'）biocmanager :: install（“ rtcgatool box”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rtcgatoolbox”）
| html | R脚本 | rtcgatoolbox教程 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，基因表达，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 2.27.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（6。5年） |
| 执照 | 文件执照 |
| 要看 | R（> = 3.5.0） |
| 进口 | 生物基因，，，，Data.Table，，，，延迟，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB，，，，httr，，，，林玛， 方法，破烂的经历，，，，rcircos，，，，rcurl，，，，rjsonio，，，，S4VECTORS（> = 0.23.10），统计Stringr，，，，总结性特征，，，，生存，，，，tcgautils（> = 1.9.4），XML |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，同性恋，，，，尼特，，，，readr，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://mksamur.github.io/rtcgatoolbox/ |
| BugReports | https://github.com/mksamur/rtcgatoolbox/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | cbioportaldata，，，，tcgaworkflow |
| 建议我 | tcgautils |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rtcgatoolbox_2.27.0.tar.gz |
| Windows二进制 | rtcgatoolbox_2.27.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | rtcgatoolbox_2.27.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtcgatoolbox |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rtcgatoolbox |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rtcgatoolbox/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
