RTCGA

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGA

这是发展RTCGA版本;稳定的发布版本,请参阅RTCGA。

癌症基因组图谱数据集成

Bioconductor版本:发展(3.18)

癌症基因组图谱(TCGA)数据门户为研究人员提供了一个平台搜索,下载,并分析TCGA生成的数据集。它包含临床信息、基因组特征数据和高级别肿瘤基因组的序列分析。关键是要理解基因组学来提高癌症治疗。RTCGA包提供下载和集成TCGA的种类和体积数据使用的病人条码键,使数据更容易拥有什么。这可能有benefcial影响对科学发展的影响和改善病人的治疗。此外,TCGA RTCGA包转换数据整理表单,方便使用。

作者:戈库辛斯基(aut (cre) Przemyslaw Biecek[所有],维特尔Chodor(施)

维修工:戈辛斯<一下。辛斯gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“RTCGA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RTCGA”)

HTML	R脚本	TCGA集成数据——RTCGA工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,DataRepresentation,ImmunoOncology,预处理,PrincipalComponent,RNASeq,软件,生存,可视化
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.3.0)
进口	XML、RCurl为了stringi,房车,数据。表、xml2 dplyr purrr,生存,survminer, ggplot2, ggthemes,冬青,knitr,尺度,rmarkdown htmltools
链接
建议	devtools testthat,迎合,Biobase,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,RTCGA.rnaseq,RTCGA.clinical,RTCGA.mutations,RTCGA.RPPA,RTCGA.mRNA,RTCGA.miRNASeq,RTCGA.methylation,RTCGA.CNV、magrittr tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://rtcga.github.io/RTCGA
BugReports	https://github.com/RTCGA/RTCGA/issues
取决于我	RTCGA.clinical,RTCGA.CNV,RTCGA.methylation,RTCGA.miRNASeq,RTCGA.mRNA,RTCGA.mutations,RTCGA.PANCAN12,RTCGA.rnaseq,RTCGA.RPPA
进口我	TDbasedUFEadv
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RTCGA_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	RTCGA_1.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RTCGA_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RTCGA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RTCGA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGA/
包下载报告	下载数据