RNAsense

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNAsense

这是发展RNAsense版本;稳定版请参见RNAsense．

时间分辨RNA-Seq数据分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

RNA-sense工具在野生型和突变型两种实验条件下比较RNA-seq时间曲线，并分三步工作。在步骤1中，它为每种条件下(即野生型)的每个转录本构建表达谱，并测试转录本丰度是否显著增长或衰减。然后根据切换的时间点将动态转录本排序到不重叠的组(时间配置文件)。在第2步，rna检测输出不同表达的转录本组，与野生型相比，突变体中的转录本在每个时间点上调或下调。在步骤3，计算步骤1的输出(上下切换时间剖面组)和步骤2的输出(差异表达的转录本组)之间的相关性(Fisher精确检验)。相关分析结果打印为二维彩色图，分别在y轴和x轴上有时间分布和差异表达组，便于数据的生物学解释。

作者:Marcus Rosenblatt [cre]， Gao Meijang [aut]， Helge Hass [aut]， Daria Onichtchouk [aut]

维护者:Marcus Rosenblatt < Marcus。Rosenblatt在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RNAsense")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RNAsense”)

超文本标记语言	R脚本	把你的小插图的标题放在这里
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	ggplot2平行,NBPSeq，qvalue，SummarizedExperiment，统计，utils，方法
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/marcusrosenblatt/RNAsense
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RNAsense_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	RNAsense_1.11.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RNAsense_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNAsense
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RNAsense
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RNAsense/
软件包下载报告	下载数据