rnamodr

doi:10.18129/b9.bioc.rnamodr

这是发展rnamodr的版本;对于稳定版本,请参阅rnamodr

检测高通量测序数据中的转录后修饰

生物导体版本:开发(3.16)

RNAMODR提供的类和工作流程,用于从高三通测序中加载/聚合数据,旨在通过分析特定模式来检测转录后修改。此外,还提供了实用程序来验证和可视化结果。RNAMODR软件包提供了一个核心功能,可以从中可以轻松地从中实现特定的分析策略作为单独的软件包。

作者:Felix G.M.恩斯特[aut,cre],Denis L.J. LaFontaine [CTB,FND]

维护者:Felix G.M.ernst

引用(从r内,输入引用(“ rnamodr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ rnamodr”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ rnamodr”)

html R脚本 rnamodr
html R脚本 RNAMODR-为新的检测策略创建新类
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基础设施,,,,测序,,,,软件,,,,可视化,,,,工作流程
版本 1.11.0
在生物导体中 Bioc 3.10(R-3.6)(2。5年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 4.0),S4VECTORS(> = 0.27.12),iranges(> = 2.23.9),基因组机,,,,modstrings
进口 方法,统计,grdevices,矩阵,,,,生物基因,,,,生物弦(> = 2.57.2),生物比较,,,,GenomicFeatures,,,,基因组签名,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,rsamtools,,,,BSGENOME,,,,rcolorbrewer,,,,柱面,,,,GGPLOT2,,,,GVIZ(> = 1.31.0),RESHAPE2,图形,rocr
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,rnamodr.data
系统要求
增强
URL https://github.com/felixernst/rnamodr
BugReports https://github.com/felixernst/rnamodr/issues
取决于我 rnamodr.alkanilineseq,,,,rnamodr.ml,,,,rnamodr.ribomethseq
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rnamodr_1.11.0.tar.gz
Windows二进制 rnamodr_1.11.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) rnamodr_1.11.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnamodr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rnamodr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rnamodr/
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