这是发展rnamodr的版本;对于稳定版本,请参阅rnamodr。
生物导体版本:开发(3.16)
RNAMODR提供的类和工作流程,用于从高三通测序中加载/聚合数据,旨在通过分析特定模式来检测转录后修改。此外,还提供了实用程序来验证和可视化结果。RNAMODR软件包提供了一个核心功能,可以从中可以轻松地从中实现特定的分析策略作为单独的软件包。
作者:Felix G.M.恩斯特[aut,cre],Denis L.J. LaFontaine [CTB,FND]
维护者:Felix G.M.ernst
引用(从r内,输入引用(“ rnamodr”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ rnamodr”)的用法
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ rnamodr”)
html | R脚本 | rnamodr |
html | R脚本 | RNAMODR-为新的检测策略创建新类 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 基础设施,,,,测序,,,,软件,,,,可视化,,,,工作流程 |
版本 | 1.11.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.10(R-3.6)(2。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 4.0),S4VECTORS(> = 0.27.12),iranges(> = 2.23.9),基因组机,,,,modstrings |
进口 | 方法,统计,grdevices,矩阵,,,,生物基因,,,,生物弦(> = 2.57.2),生物比较,,,,GenomicFeatures,,,,基因组签名,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,rsamtools,,,,BSGENOME,,,,rcolorbrewer,,,,柱面,,,,GGPLOT2,,,,GVIZ(> = 1.31.0),RESHAPE2,图形,rocr |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,rnamodr.data |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/felixernst/rnamodr |
BugReports | https://github.com/felixernst/rnamodr/issues |
取决于我 | rnamodr.alkanilineseq,,,,rnamodr.ml,,,,rnamodr.ribomethseq |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | rnamodr_1.11.0.tar.gz |
Windows二进制 | rnamodr_1.11.0.zip(仅64位) |
MacOS 10.13(高山脉) | rnamodr_1.11.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnamodr |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/rnamodr |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rnamodr/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |