RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

这是发展RNASeqR版本;稳定版请参见RNASeqR．

RNASeqR:用于自动两组RNA-Seq分析工作流程的R包

Bioconductor版本:开发(3.14)

该R包设计用于病例对照RNA-Seq分析(两组)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“Reads比对与量化”、“基因级差异分析”和“功能分析”。每个步骤对应于这个包中的一个函数。在按顺序运行函数之后，一个基本的RNASeq分析将很容易完成。

作者:超宽浩

维护人员:Kuan-Hao Chao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RNASeqR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RNASeqR”)

超文本标记语言	R脚本	基于单自变量的RNA-Seq分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，聚类，DataImport，DifferentialExpression，ExperimentalDesign，FunctionalPrediction，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，基础设施，KEGG，归一化，通路，质量控制，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，ggplot2，pathview，刨边机、方法
进口	Rsamtools、工具、网状，舞会礼服，gridExtra，rafalib，FactoMineR，factoextra，corrplot，PerformanceAnalytics，reshape2，DESeq2，systemPipeR，systemPipeRdata，clusterProfiler，org.Hs.eg.db，org.Sc.sgd.db，stringr，pheatmap， grDevices，图形，统计，utils，剂量，Biostrings、并行
链接
建议	knitr，png、网格RNASeqRData
SystemRequirements	RNASeqR只支持Linux和macOS。不支持。强烈推荐使用Python2。如果您的机器是Python3，请确保'2to3'命令可用。
增强了
URL	https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports	https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RNASeqR_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	RNASeqR_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RNASeqR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RNASeqR/
软件包下载报告	下载数据