RLSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.RLSeq

这是发展RLSeq版本;稳定版请参见RLSeq．

RLSeq:用于R-loop映射数据的分析包

Bioconductor版本:开发(3.17)

RLSeq是一个用于分析和评估R-loop映射数据集的工具包。RLSeq有两个主要目的:(1)促进数据集质量的评估，以及(2)在RLBase中公开可用的数据集的上下文中启用R-loop分析。该包旨在提供一个简单的管道，称为' RLSeq() '函数，它执行所有主要分析。单个函数也可访问，并提供自定义分析功能。最后，使用' report() '生成HTML报告。

作者:亨利·米勒[aut, cre, cph]，丹尼尔·蒙特马约尔[ctb]， Simon Levy [ctb]，安娜·维恩斯[ctb]，亚历山大·毕夏普[ths, cph]

维护者:Henry Miller

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RLSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RLSeq”)

超文本标记语言	R脚本	用RLSeq分析R-loop数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，报道，表观遗传学，测序，软件，转录组
版本	1.5.2
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	dplyr，ggplot2，RColorBrewer、网格地区，valr，caretEnsemble，GenomicFeatures，rtracklayer，GenomicRanges，GenomeInfoDb，ComplexHeatmap，AnnotationHub，维恩图，callr，circlize，ggplotify，ggprism，方法，统计，RLHub，aws.s3，pheatmap
链接
建议	AnnotationDbi，BiocStyle，covr，lintr，rcmdcheck，DT，httr，jsonlite，kableExtra，kernlab，knitr，魔法，质量，org.Hs.eg.db，R.utils，randomForest，readr，rmarkdown，rpart，testthat(> = 3.0.0),宠物猫，tidyr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，futile.logger
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bishop-Laboratory/RLSeqhttps://bishop-laboratory.github.io/RLSeq/
BugReports	https://github.com/Bishop-Laboratory/RLSeq/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RLSeq_1.5.2.tar.gz
Windows二进制	RLSeq_1.5.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	RLSeq_1.5.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RLSeq_1.5.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RLSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RLSeq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RLSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RLSeq/
软件包下载报告	下载数据