RJMCMCNucleosomes

DOI:10.18129 / B9.bioc.RJMCMCNucleosomes

这是发展RJMCMCNucleosomes版本;稳定的发布版本,请参阅RJMCMCNucleosomes。

贝叶斯层次模型与高通量基因组核小体定位短内容数据(MNase-Seq)

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包是核小体定位使用信息Multinomial-Dirichlet之前与可逆跳转t-mixture估计全基因组分析的核小体的位置。

作者:帕斯卡Belleau (aut) Rawane Samb (aut),阿斯特丽德Deschenes (cre, aut),埃塞俄比亚Khadraoui (aut) Lajmi Lakhal-Chaieb (aut) Arnaud所有权(aut)

维护人员:阿斯特丽德Deschenes < adeschen hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“RJMCMCNucleosomes”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RJMCMCNucleosomes”)

HTML	R脚本	核小体定位
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,BiologicalQuestion,ChIPSeq,报道,NucleosomePositioning,测序,软件,StatisticalMethod
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),IRanges,GenomicRanges
进口	Rcpp(> = 0.12.5),consensusSeekeR,BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors(> = 0.23.10),BiocParallel、统计数据、图形、方法grDevices
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,nucleoSim,RUnit
SystemRequirements	Rcpp
增强了
URL	https://github.com/ArnaudDroitLab/RJMCMCNucleosomes
BugReports	https://github.com/ArnaudDroitLab/RJMCMCNucleosomes/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RJMCMCNucleosomes_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	RJMCMCNucleosomes_1.21.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RJMCMCNucleosomes_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RJMCMCNucleosomes
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RJMCMCNucleosomes
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RJMCMCNucleosomes/
包下载报告	下载数据