河

DOI:10.18129 / B9.bioc.RIVER

这是发展版本的河;稳定的发布版本,请参阅河。

R包河(RNA-Informed变异影响监管)

Bioconductor版本:发展(3.18)

概率建模的实现框架,共同分析个人基因组和转录组数据的概率估计监管的影响,个人的一个变体。基于生成模型,假定基因组注释,如一个变种的位置对监管元素,确定先验概率的变体是功能性监管的一个变体,它是一个未被注意的变量。功能性监管变异状态影响邻近基因是否可能会显示异常的基因表达水平的人。有关更多信息,请参见河网站、文档和例子。

作者:Yungil金(aut (cre),亚历克西斯战斗(aut)

维修工:Yungil金< ipw012 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“河”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“河”)

HTML	R脚本	河
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细节

biocViews	贝叶斯,BiomedicalInformatics,聚类,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,回归,单核苷酸多态性,软件,SystemsBiology,转录,TranscriptomeVariant,转录组
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3.2)
进口	pROC, glmnet ggplot2、图形数据,Biobase、方法、跑龙套
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat devtools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ipw012/RIVER
BugReports	https://github.com/ipw012/RIVER/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RIVER_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	RIVER_1.25.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RIVER_1.25.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RIVER_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIVER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/河
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RIVER/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RIVER/
包下载报告	下载数据