RIPAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.RIPAT

这是发展RIPAT版本;稳定版请参见RIPAT．

逆转录病毒整合模式分析工具(RIPAT)

Bioconductor版本:开发(3.17)

RIPAT是作为逆转录病毒整合位点注释和分布分析的R包开发的。RIPAT需要BLAST和BLAT的局部对齐结果。具体的输入格式在RIPAT手册中描述。RIPAT将RV集成模式分析结果以R对象、多表、多图的excel文件形式提供。

作者:Min-Jeong Baek [aut, cre]

维护人员:Min-Jeong Baek

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RIPAT")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RIPAT”)

超文本标记语言	R脚本	逆转录病毒整合模式分析工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，软件
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	biomaRt(> = 2.38.0),GenomicRanges(> = 1.34.0),ggplot2(>= 3.1.0)， grDevices (>= 3.5.3)IRanges(> = 2.16.0),karyoploteR(> = 1.6.3),openxlsx(> = 4.1.4)plyr(> = 1.8.4),地区(> = 1.12.0),rtracklayer(>= 1.42.2)， stats (>= 3.5.3)，stringr(>= 1.3.1)， utils (>= 3.5.3)
链接
建议	knitr(> = 1.28)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bioinfo16/RIPAT/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RIPAT_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	RIPAT_1.9.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	RIPAT_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RIPAT_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIPAT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RIPAT
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RIPAT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RIPAT/
软件包下载报告	下载数据