RGMQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RGMQL

这是发展RGMQL版本;稳定版请参见RGMQL．

R/Bioconductor的GenoMetric查询语言

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包将GenoMetric Query Language (GMQL)功能引入R环境。GMQL是一种高级的声明性语言，用于管理用于生物医学目的的异构基因组数据集，使用简单的查询来处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL采用云计算技术(如Apache Hadoop和Spark)为大数据高效设计的算法，允许GMQL在现代基础设施上运行，以实现可伸缩性和高性能。它允许从本地和远程的不同数据源创建、操作和提取基因组数据。我们的RGMQL函数允许利用R惯用范式进行复杂的查询和处理。RGMQL包还提供了一组丰富的辅助类，允许复杂的输入/输出管理和排序，例如:ASC, DESC, BAG, MIN, MAX, SUM, AVG, MEDIAN, STD, Q1, Q2, Q3(和许多其他)。请注意，许多RGMQL函数在R环境中不是直接执行的，而是被延迟到真正执行。

作者:Simone Pallotta [aut, cre]， Marco Masseroli [aut]

维护者:Simone Pallotta < simmonepallotta at hotmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RGMQL")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RGMQL”)

超文本标记语言	R脚本	RGMQL: R/Bioconductor的GenoMetric查询语言
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，网络，SingleCell，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.2)，RGMQLlib
进口	httr，rJava，GenomicRanges，rtracklayer，data.table跑龙套,plyr，xml2、方法、S4Vectors，dplyr统计数据,胶水，BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/GMQL/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RGMQL_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RGMQL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RGMQL
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RGMQL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RGMQL/
软件包下载报告	下载数据