REMP

DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP

这是发展REMP版本;稳定的发布版本请参见REMP。

重复元素甲基化预测

生物导体版本:开发(3.13)

基于机器学习的工具，通过学习周围的遗传和表观遗传信息来预测位点特异性重复元件(RE)的DNA甲基化。这些工具提供了RE上DNA甲基化预测的全基因组和单碱基分辨率，而使用基于阵列或测序的平台难以测量，这使得RE上的表观基因组范围关联研究(EWAS)和差异甲基化区域(DMR)分析成为可能。

作者:郑宜南[aut, cre]，刘磊[aut]，张伟[aut]， Warren Kibbe [aut]，侯丽芳[aut, cph]

维持者:Yinan Zheng

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("REMP")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“REMP”)

PDF	R脚本	介绍REMP包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,GenomeWideAssociation,MethylationArray,微阵列,多通道,预处理,质量控制,测序,软件,TwoChannel
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0)
进口	readr,rtracklayer，图形，统计，效用，方法，设置,BiocGenerics,S4Vectors,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,BiocParallel,doParallel平行,foreach,脱字符号,kernlab,管理员,BSgenome,AnnotationHub,org.Hs.eg.db,嫁祸于,迭代器
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,minfiDataEPIC
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YinanZheng/REMP
BugReports	https://github.com/YinanZheng/REMP/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	REMP_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	REMP_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	REMP_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REMP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/
包下载报告	下载数据