RCy3

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3

这是发展RCy3版本;稳定版请参见RCy3．

访问和控制细胞质的功能

Bioconductor版本:开发(3.17)

使用Cytoscape的图形用户界面可以做的任何事情，现在都可以用一个RCy3函数来完成。

作者:Alex Pico [aut, cre]， Tanja Muetze [aut]， Paul Shannon [aut]， Ruth Isserlin [ctb]， Shraddha Pai [ctb]， Julia Gustavsen [ctb]， Georgi Kolishovski [ctb]，辛怡航[ctb]

维护者:Alex Pico < Alex。Pico在gladstone.ucsf.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RCy3")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RCy3”)

超文本标记语言	R脚本	01.RCy3 ~25 min概述
超文本标记语言	R脚本	02.细胞图和铭文~5分钟
超文本标记语言	R脚本	03.细胞膜和石墨烯~5分钟
超文本标记语言	R脚本	04.导入数据~5分钟
超文本标记语言	R脚本	05.网络功能和可视化~15分钟
超文本标记语言	R脚本	06.癌症网络和数据~40分钟
超文本标记语言	R脚本	07.标识符映射~20分钟
超文本标记语言	R脚本	08.升级现有脚本~15分钟
超文本标记语言	R脚本	09.胞浆和NDEx ~20分钟
超文本标记语言	R脚本	10.组结~15分钟
超文本标记语言	R脚本	11.自定义图形和标签~10分钟
超文本标记语言	R脚本	12.过滤网络~10分钟
超文本标记语言	R脚本	13.系统发育树~3分钟
超文本标记语言	R脚本	14.Jupyter Bridge和RCy3 ~10分钟
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork，网络，软件，ThirdPartyClient，可视化
版本	2.19.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	httr、方法、RJSONIO，XML跑龙套,BiocGenerics统计数据,图，fs，uuid，uchardet，胶水，RCurl，base64url，base64enc，IRkernel，IRdisplay，RColorBrewer，gplots
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，igraph, grDevices
SystemRequirements	Cytoscape (>= 3.7.1)， CyREST (>= 3.8.0)
增强了
URL	https://github.com/cytoscape/RCy3
BugReports	https://github.com/cytoscape/RCy3/issues
全靠我
进口我	categoryCompare，CeTF，fedup，比喻，MOGAMUN，NCIgraph，netZooR，regutools，TimiRGeN，transomics2cytoscape
建议我	石墨，netDx，rScudo
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RCy3_2.19.0.tar.gz
Windows二进制	RCy3_2.19.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	RCy3_2.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RCy3_2.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCy3
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RCy3/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/
软件包下载报告	下载数据