QUBIC

DOI:10.18129 / B9.bioc.QUBIC

这是发展QUBIC版本;稳定的发布版本,请参阅QUBIC。

R包支持基因的定性biclustering co-expression分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个R包的核心功能是提供well-cited和美观QUBIC算法的实现,旨在提供一种有效的和高效的biclustering能力。这个包还包括以下相关功能:(i)的定性表示输入基因表达数据,通过一个精心设计的离散化方法考虑底层数据属性,可直接用于其他biclustering项目;使用的热图(ii)的可视化识别biclusters支持整体的表达模式分析;(3)bicluster-based co-expression网络说明和可视化,在不同的一对基因之间的相关系数分数提供;及(iv)概括biclusters输出格式和相应的网络可以免费下载,这样用户可以很容易地做后综合功能富集分析(例如大卫)和先进的网络可视化(例如Cytoscape)。

作者:豫章(aut (cre),秦马(aut)

维护人员:豫章< zy26 jlu.edu.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“QUBIC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“QUBIC”)

PDF	R脚本	QUBIC教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,MultipleComparison,网络,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	CC BY-NC-ND 4.0 +文件许可证
取决于	R (> = 3.1), biclust
进口	Rcpp(> = 0.11.0)它,方法,矩阵
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	QUBICdata、qgraph字段、knitr rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11日Rtools (> = 3.1)
增强了	RColorBrewer
URL	http://github.com/zy26/QUBIC
BugReports	http://github.com/zy26/QUBIC/issues
取决于我
进口我	mosbi
建议我	runibic
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QUBIC_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	QUBIC_1.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	QUBIC_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	QUBIC_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QUBIC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QUBIC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/QUBIC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QUBIC/
包下载报告	下载数据