这是发展QSutils的版本;对于稳定版本,请参阅QSUTILS。
生物导体版本:开发(3.16)
使用NGS数据进行病毒准确分析的一组效用功能。大多数功能对于宏基因组研究同样有用。有三种主要类型:(1)数据操作和探索 - 可用于将读取转换为单倍型和频率,修复读数,相交链单倍型以及可视化单倍型比对的功能。(2)多样性指数 - 计算多样性和熵的功能,其中考虑了发病率,丰度和功能指数。(3)数据仿真 - 功能可用于生成随机病毒准确数据。
作者:梅赛德斯·格雷罗·穆里洛(Mercedes Guerrero-Murillo)[CRE,AUT],Josep Gregori I字体[aut]
维护者:ersedes guerrero-murillo
引用(从r内,输入引用(“ QSUTILS”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version ='devel')biocmanager :: install(“ qsutils”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ QSUTILS”)
html | R脚本 | QSUTILS对准 |
html | R脚本 | QSUTILS多样性 |
html | R脚本 | QSUTILS模拟 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 结盟,,,,dnaseq,,,,DataImport,,,,遗传因素,,,,遗传学,,,,测序,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.15.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.8(R-3.5)(3.5岁) |
执照 | 文件执照 |
要看 | r(> = 3.5),生物弦,,,,生物基因, 方法 |
进口 | 猿,统计心理 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,GGPLOT2 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | qSutils_1.15.0.tar.gz |
Windows二进制 | QSUTILS_1.15.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | QSUTILS_1.15.0.TGZ |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qsutils |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/qsutils |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/qsutils/ |
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