QFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.QFeatures

这是发展QFeatures版本;稳定的发布版本,请参阅QFeatures。

定量质谱数据的特性

Bioconductor版本:发展(3.16)

QFeatures基础设施使管理和处理高通量的定量特征质谱分析。它提供了一个熟悉的Bioconductor用户体验管理定量数据在不同试验水平(如肽谱匹配、肽和蛋白质)在一个连贯的和容易处理的格式。

作者:洛朗与(aut (cre)克利斯朵夫Vanderaa (aut)

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“QFeatures”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“QFeatures”)

HTML	R脚本	数据可视化从QFeatures对象
HTML	R脚本	处理与QFeatures定量蛋白质组学数据
HTML	R脚本	定量质谱数据的特性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),MultiAssayExperiment
进口	方法、统计跑龙套,S4Vectors,IRanges,SummarizedExperiment,BiocGenerics,ProtGenerics(> = 1.19.3),AnnotationFilter,lazyeval,Biobase,MsCoreUtils(> = 1.1.2),igraph,情节
链接
建议	SingleCellExperiment,HDF5Array,msdata,ggplot2,gplots,dplyr,limma,magrittr,DT,闪亮的,shinydashboard,testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,vsn,preprocessCore,matrixStats,imputeLCMD,pcaMethods,嫁祸于,规范,ComplexHeatmap
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/QFeatures
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/QFeatures/issues
取决于我	msqrob2,scp,scpdata
进口我	MetaboAnnotation,PSMatch
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QFeatures_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	QFeatures_1.7.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	QFeatures_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QFeatures
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QFeatures
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QFeatures/
包下载报告	下载数据