QDNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.QDNAseq

这是发展qdnnaseq版本;稳定版请参见QDNAseq．

染色体畸变的定量DNA测序

Bioconductor版本:开发(3.17)

染色体畸变的定量DNA测序。将基因组划分为不重叠的固定大小的bin，计算每个bin中的序列reads数量，同时使用二维黄土校正来调整序列可映射性和GC含量，并过滤以去除基因组中的伪区域。分割和调用的下游步骤也分别通过包DNAcopy和CGHcall实现。

作者:Ilari Scheinin [aut]， Daoud Sie [aut, cre]， Henrik Bengtsson [aut]， Erik van Dijk [ctb]

维护人员:Daoud Sie

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" qdnnaseq ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“QDNAseq”)

PDF	R脚本	qdnnaseq简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，遗传学，GenomeAnnotation，预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	GPL
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	图形，方法，统计，utils，Biobase(> = 2.18.0),CGHbase(> = 1.18.0),CGHcall(> = 2.18.0),DNAcopy(> = 1.32.0),GenomicRanges(> = 1.20),IRanges(> = 2.2),matrixStats(> = 0.60.0),R.utils(> = 2.9.0),Rsamtools(> = 1.20),future.apply(> = 1.8.1)
链接
建议	BiocStyle(> = 1.8.0),BSgenome(> = 1.38.0),消化(> = 0.6.20),GenomeInfoDb(> = 1.6.0),未来(> = 1.22.1),平行(> = 1.28.1),R.cache(> = 0.13.0),QDNAseq.hg19，QDNAseq.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccagc/QDNAseq
BugReports	https://github.com/ccagc/QDNAseq/issues
全靠我	GeneBreak，QDNAseq.hg19，QDNAseq.mm10
进口我	王牌，biscuiteer，HiCcompare
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	QDNAseq_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	QDNAseq_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	QDNAseq_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	QDNAseq_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QDNAseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QDNAseq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/QDNAseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QDNAseq/
软件包下载报告	下载数据