PureCN

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

这是发展PureCN版本;稳定的发布版本请参见PureCN。

拷贝号码呼叫和SNV分类使用目标短读测序

生物导体版本:开发(3.14)

该包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH)，并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变异(SNVs)进行分类。PureCN针对目标短读测序数据设计，与标准体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好，支持不匹配正常样本的肿瘤样本。

作者:Markus Riester，安加德·p·辛格

维护人员:Markus Riester < Markus。里斯在novartis.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PureCN")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PureCN”)

超文本标记语言	R脚本	最佳实践、快速启动和命令行使用
PDF	R脚本	PureCN R包概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,ImmunoOncology,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),DNAcopy,VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer,S4Vectors,data.table、grDevices、graphics、stats、utils、SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,Rsamtools,Biostrings,BiocGenerics,rtracklayer,ggplot2,gridExtra,futile.logger,VGAM、工具、方法rhdf5,矩阵
链接
建议	BiocParallel,BiocStyle,PSCBSTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,copynumber,covr,knitr,optparseorg.Hs.eg.db,jsonlite,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了	genomicsdb (> = 0.0.3)
URL	https://github.com/lima1/PureCN
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	PureCN_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	PureCN_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PureCN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/
包下载报告	下载数据