ProteoDisco

DOI:10.18129 / B9.bioc.ProteoDisco

这是发展ProteoDisco版本;稳定版请参见ProteoDisco．

从基因组变体，剪接连接和手动序列生成定制的蛋白质变体数据库

Bioconductor版本:开发(3.17)

ProteoDisco是一个R包，以促进蛋白质基因组学研究。它的功能是根据用户提交的基因组变体、剪接连接、融合基因和手动转录序列创建定制的(变体)蛋白质数据库。灵活的工作流程可以被采用，以适应无数的研究和实验设置。

作者:Job van Riet [cre]， Wesley van de Geer [aut]， Harmen van de Werken [ths]

维护者:Job van Riet

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ProteoDisco")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ProteoDisco”)

超文本标记语言	R脚本	Overview_Proteodisco
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，蛋白质组学，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.26.0),Biostrings(> = 2.60.1),使彻底失败(> = 2.0.0),切肉刀(> = 1.30.0),dplyr(> = 1.0.6),GenomeInfoDb(> = 1.28.0),GenomicFeatures(> = 1.44.0),GenomicRanges(> = 1.44.0),IRanges(>= 2.26.0)，方法(>= 4.1.0)，ParallelLogger(> = 2.0.1),plyr(> = 1.8.6),rlang(> = 0.4.11),S4Vectors(> = 0.30.0),宠物猫(> = 3.1.2),tidyr(> = 1.1.3),VariantAnnotation(> = 1.36.0),XVector(> = 0.32.0)
链接
建议	AnnotationDbi(> = 1.54.1),BSgenome(> = 1.60.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 3),BiocStyle(> = 2.20.1),DelayedArray(> = 0.18.0),devtools(> = 2.4.2),knitr(> = 1.33),matrixStats(> = 0.59.0),减价(> = 1.1),org.Hs.eg.db(> = 3.13.0),purrr(> = 0.3.4),RCurl(> = 1.98.1.3),readr(> = 1.4.0),ggplot2(> = 3.3.5),rmarkdown(> = 2.9),rtracklayer(> = 1.52.0),seqinr(> = 4.2.8),stringr(> = 1.4.0),reshape2(> = 1.4.4),尺度(> = 1.1.1),testthat(> = 3.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco
BugReports	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ProteoDisco_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	ProteoDisco_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ProteoDisco_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ProteoDisco_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoDisco
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ProteoDisco
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ProteoDisco/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ProteoDisco/
软件包下载报告	下载数据