Pigengene

DOI:10.18129 / B9.bioc.Pigengene

这是发展Pigengene版本;稳定的发布版本,请参阅Pigengene。

从基因表达数据推断生物签名

Bioconductor版本:发展(3.16)

Pigengene包提供了一个有效的方式来推断生物签名从基因表达谱。签名是独立于底层平台,例如,可以微阵列或RNA Seq数据输入。它甚至可以推断出签名使用数据从一个平台,并评估他们。Pigengene识别模块(集群)的高度使用coexpression coexpressed基因网络分析,总结了每个模块的生物信息在一个eigengene,学习贝叶斯网络概率模型的模块之间的依赖关系,并构建了一个基于决策树eigengenes的表达。

作者:Habil Zare, Amir Foroushani Rupesh Agrahari,梅根·短,Isha梅赫塔和Neda Emami

维护人员:Habil Zare < Zare u.washington.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Pigengene”)

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PDF	R脚本	使用eigengenes Pigengene:计算和
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,分类,聚类,DecisionTree,DimensionReduction,GeneExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,微阵列,网络,NetworkInference,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0.3),图,BiocStyle(> = 2.18.1)
进口	bnlearn(> = 4.7),网(> = 0.1.2),质量,matrixStats,partykit,Rgraphviz,WGCNA,GO.db,嫁祸于,preprocessCoregrDevices图形,统计,跑龙套,平行,pheatmap(> = 1.0.8),dplyr,gdata,clusterProfiler,ReactomePA,ggplot2,openxlsx,DBI,剂量
链接
建议	org.Hs.eg.db(> = 3.7.0),org.Mm.eg.db(> = 3.7.0),biomaRt(> = 2.30.0),knitr,AnnotationDbi,能源
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包档案

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源包	Pigengene_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	Pigengene_1.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Pigengene_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Pigengene
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Pigengene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Pigengene/
包下载报告	下载数据