PhosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhosR

这是发展PhosR版本;稳定版请参见PhosR

一套综合分析磷蛋白组学数据的方法和工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

PhosR是一个用于磷蛋白组数据综合分析的软件包。PhosR有两个主要组成部分:处理和下游分析。PhosR由各种磷酸蛋白组学数据处理工具组成,包括过滤、imputation、归一化和推断活性激酶和信号通路的功能分析。

作者:杨鹏毅[aut],金太云[aut, cre],金哈尼Jieun [aut]

维护者:Taiyun Kim < Taiyun。Kim91在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“PhosR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PhosR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“PhosR”)

超文本标记语言 R脚本 PhosR包的介绍
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 蛋白质组学ResearchField软件
版本 1.9.1
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 4.2.0)
进口 ruve1071dendextendlimmapcaMethods统计数据,RColorBrewercirclizedplyrigraphpheatmappreprocessCoretidyrrlang,图形,grDevices, utils,SummarizedExperiment、方法、S4VectorsBiocGenericsggplot2GGallyggdendroggpubr网络reshape2ggtextstringi
链接
建议 testthatknitrrgl系统网络体系结构(sna)线索directPArmarkdownorg.Rn.eg.dborg.Mm.eg.dbreactome.db注释BiocStylestringr校准
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 PhosR_1.9.1.tar.gz
Windows二进制 PhosR_1.9.1.zip
macOS二进制文件(x86_64) PhosR_1.9.1.tgz
macOS二进制文件(arm64) PhosR_1.9.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhosR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PhosR
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/PhosR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PhosR/
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