PhosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhosR

这是发展PhosR版本;稳定版请参见PhosR．

一套综合分析磷蛋白组学数据的方法和工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

PhosR是一个用于磷蛋白组数据综合分析的软件包。PhosR有两个主要组成部分:处理和下游分析。PhosR由各种磷酸蛋白组学数据处理工具组成，包括过滤、imputation、归一化和推断活性激酶和信号通路的功能分析。

作者:杨鹏毅[aut]，金太云[aut, cre]，金哈尼Jieun [aut]

维护者:Taiyun Kim < Taiyun。Kim91在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("PhosR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PhosR”)

超文本标记语言	R脚本	PhosR包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	蛋白质组学，ResearchField，软件
版本	1.9.1
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	ruv，e1071，dendextend，limma，pcaMethods统计数据,RColorBrewer，circlize，dplyr，igraph，pheatmap，preprocessCore，tidyr，rlang，图形，grDevices, utils，SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocGenerics，ggplot2，GGally，ggdendro，ggpubr，网络，reshape2，ggtext，stringi
链接
建议	testthat，knitr，rgl，系统网络体系结构(sna)，线索，directPA，rmarkdown，org.Rn.eg.db，org.Mm.eg.db，reactome.db，注释，BiocStyle，stringr，校准
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PhosR_1.9.1.tar.gz
Windows二进制	PhosR_1.9.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PhosR_1.9.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PhosR_1.9.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhosR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PhosR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PhosR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PhosR/
软件包下载报告	下载数据