PharmacoGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.PharmacoGx

这是发展PharmacoGx版本;稳定的发布版本,请参阅PharmacoGx

大规模药物基因组学数据分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

包含一组函数执行大规模pharmaco-genomic数据的分析。这些包括PharmacoSet对象用于存储药物基因组学实验的结果,以及大量的函数计算常见的药物剂量反应和总结相关癌症细胞系的分子特性。

作者:切赫斯米尔诺夫(aut),克里斯托弗•伊尔斯(aut) Zhaleh Safikhani (aut),马克·弗里曼(aut),飞飞李(aut),本杰明Haibe-Kains (aut (cre)

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

从内部引用(R,回车引用(“PharmacoGx”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“PharmacoGx”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML R脚本 创建一个PharmacoSet对象
HTML R脚本 检测药物的协同作用和拮抗PharmacoGx 3.0 +
HTML R脚本 PharmacoGx: R包大的药物基因组学数据集的分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件
版本 3.3.2
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R (> = 3.6),CoreGx
进口 BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,SummarizedExperiment,MultiAssayExperiment,BiocParallel,ggplot2,magicaxis,RColorBrewer平行,caTools、方法、下载器,统计,跑龙套,图形、grDevicesreshape2,jsonlite,data.table,使彻底失败,引导,鸡笼
链接 Rcpp
建议 老鸨,rmarkdown,knitr,knitcitations,蜡笔,testthat,减价,BiocStyle,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/bhklab/PharmacoGx/issues
取决于我
进口我 Xeva
建议我 ToxicoGx
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 PharmacoGx_3.3.2.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64) PharmacoGx_3.3.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PharmacoGx
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PharmacoGx
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/PharmacoGx/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PharmacoGx/
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