PharmacoGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.PharmacoGx

这是发展PharmacoGx版本;稳定的发布版本,请参阅PharmacoGx。

大规模药物基因组学数据分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

包含一组函数执行大规模pharmaco-genomic数据的分析。这些包括PharmacoSet对象用于存储药物基因组学实验的结果,以及大量的函数计算常见的药物剂量反应和总结相关癌症细胞系的分子特性。

作者:切赫斯米尔诺夫(aut),克里斯托弗•伊尔斯(aut) Zhaleh Safikhani (aut),马克·弗里曼(aut),飞飞李(aut),本杰明Haibe-Kains (aut (cre)

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“PharmacoGx”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PharmacoGx”)

HTML	R脚本	创建一个PharmacoSet对象
HTML	R脚本	检测药物的协同作用和拮抗PharmacoGx 3.0 +
HTML	R脚本	PharmacoGx: R包大的药物基因组学数据集的分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件
版本	3.3.2
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.6),CoreGx
进口	BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,SummarizedExperiment,MultiAssayExperiment,BiocParallel,ggplot2,magicaxis,RColorBrewer平行,caTools、方法、下载器,统计,跑龙套,图形、grDevicesreshape2,jsonlite,data.table,使彻底失败,引导,鸡笼
链接	Rcpp
建议	老鸨,rmarkdown,knitr,knitcitations,蜡笔,testthat,减价,BiocStyle,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/bhklab/PharmacoGx/issues
取决于我
进口我	Xeva
建议我	ToxicoGx
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PharmacoGx_3.3.2.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	PharmacoGx_3.3.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PharmacoGx
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PharmacoGx
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PharmacoGx/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PharmacoGx/
包下载报告	下载数据